Diccionario panhispánico de dudas
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alfa. ‘Primera letra del alfabeto griego’. Es voz femenina y, aunque comienza por /a/ tónica, el artículo que la antecede mantiene la forma la (→ el, 2.3a): «Utilizamos la alfa privativa en palabras tales como arracionalidad» (Chiozza Cuerpo [Arg. 1976]). No debe usarse hoy la grafía con ph: 
alpha. En cambio, cuando adquiere el sentido metafórico de ‘principio u origen’, funciona como sustantivo masculino, a menudo dentro de la expresión (el) alfa y (el) omega: «La agonía [...] nos conduce hacia los extremos del tiempo, nos enfrenta con el alfa y el omega» (Dávila Contribución [Esp. 1975]).
Diccionario panhispánico de dudas 2005
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