El máximo órgano rector de la Academia es la Junta de Gobierno que, según el reglamento vigente, ha de reunirse al menos una vez al mes. La preside el director de la corporación y está constituida, además, por el vicedirector, el secretario, el censor, el bibliotecario, el tesorero, el vicesecretario y dos vocales adjuntos. Todos estos cargos son electivos cada cuatro años —dos en el caso de los vocales— y prorrogables solo una vez. El director, excepcionalmente, puede optar a un tercer mandato.
La Junta de Gobierno está formada por los siguientes miembros:
Director: Santiago Muñoz Machado
Elegido el 20 de diciembre de 2018
Vicedirector: José Manuel Sánchez Ron
Elegido el 10 de diciembre de 2015
Secretario: Aurora Egido
Elegida el 21 de diciembre de 2017
Censor: José María Merino
Elegido el 1 de diciembre de 2016
Bibliotecario: Pedro Álvarez de Miranda
Elegido el 11 de diciembre de 2014 y reelegido el 13 de diciembre de 2018
Tesorero: Guillermo Rojo
Elegido el 11 de diciembre de 2014 y reelegido el 14 de diciembre de 2017
Vicesecretario: Juan Gil
Elegido el 10 de diciembre de 2015
Primera vocal adjunta: Carme Riera
Elegida el 3 de diciembre de 2015 y reelegida el 21 de diciembre de 2017
Segunda vocal adjunta: Paz Battaner
Elegida el 20 de diciembre de 2018
