¿Se escribe «¿Pero qué has hecho?» o «Pero ¿qué has hecho?»?

Las dos opciones son válidas. En el caso de la conjunción pero, es igualmente correcto que esta preceda a la secuencia interrogativa o exclamativa (Pero ¿qué has hecho?), o que se incluya dentro de ella (¿Pero qué has hecho?).